Uskonpuhdistuksen alkuunpanijat olivat vuosien varrella tuon tuostakin ehdottaneet, että kutsuttaisiin koolle yleinen kirkolliskokous. Augsburgissa annettiinkin lupaus sellaisen pikaisesta kokoontumisesta. Vihdoin viimein lähetettiin kutsu kirkolliskokoukseen, joka oli pidettävä Mantovassa, pohjois-Italiassa, keväällä 1537. Siellä oli aikomus lopullisesti hävittää luterilainen harhaoppisuus. 

Luther aavisti, ettei kokouksessa keskusteltaisi opillisista kysymyksistä, varsinkaan autuuttavasta uskosta, vaan toisarvoisista, ulkonaisista asioista, ja että se siis ei tuottaisi toivottua tulosta. Kirkko on rappiotilassa, piispat ja tuomioherrat eivät välitä ihmisten sieluista eivätkä salli Kristuksen puhua omille lampailleen. ”Minua hirvittää ja minä olen peloissani, sillä hän varmaan kerran on Saksan maan menoksi pitävä enkelten kirkolliskokouksen ja hävittävä meidät kaikki tyynni yhtä perinpohjaisesti kuin Sodoman ja Gomorran, koska me tällä kirkolliskokouksellamme häntä niin ilkeästi ivailemme” (s. 245, 11). Todellisia tuloksia ei paavin johtamasta valan velvoituksin hänelle kuuliaisten piispojen kirkolliskokouksesta ole, kokouksesta, joka kutsutaan koolle nimen omaan luterilaisuuden tuhoamista varten, kokouksesta, jossa asianosaiset ovat tuomareina. ”Paavi mieluummin päästää koko kristikunnan tuhoutumaan ja kaikki sielut joutumaan kadotukseen kuin sallii edes vähäistä itsensä ja joukkonsa parantamista ja hirmuhallituksensa rajoittamista” (s. 243, 3). Pyhästä vihasta paavia kohtaan hehkuen Luther näihin aikoihin häntä ahdistava sairaus tuntui ennustavan pikaista kuolemaa määräsi hautakirjoituksekseen sanat: ”Pestis eram vivus, moriens ero mors tua, Papa”, - Eläessäni olin sinulle rutto, kuollessani olen oleva, paavi, kuolemasi.

Luterilaisia hallitsi luja, sovitteluihin taipumaton mieliala. He asettuivat odottavalle kannalle. He päättivät mennä kirkolliskokoukseen, jos heidät sinne kutsutaan, mutta pysyä siitä poissa, jos heidät sinne haastetaan. Kutsun he aikoivat ottaa vastaan julkaisemalla julkisen vastalause en, jossa he ilmoittavat, etteivät tule suostumaan muuhun kirkolliskokoukseen kuin sellaiseen, joka on yleinen, vapaa, hurskas, kristillinen ja puolueeton, ja johon valitaan hurskaita, oppineita, puolueettomia ja luottamustanauttivia miehiä, kykeneviä tutkimaan uskonnollisia ristiriitoja Jumalan sanan mukaan. Toisaalta ajateltiin vastakokouksenkin koolle kutsumista ja sellaisten uskonkohtien muovailemista, jotka kaikki voisivat hyväksyä ja yksimielisinä puolustaa. Vastakokouksen pitämistä kuitenkin pidettiin ennenaikaisena, jopa lahkolaisuuden merkkinä. Vähimmäismääräisten uskonkohtien muovailemiseen Luther ryhtyi syksyllä 1536 ja vuoden lopulla hän neuvotteli työtoveriensa kanssa niiden johdosta. Muut hyväksyivät varauksitta Lutherin luonnoksen paitsi Melanchthon, joka oli valmis myöntämään paaville johtoaseman, kunhan tämä vain sallii evankeliumia saarnattavan. Asiaan puuttui mm. Saksin vaaliruhtinas, joka alun perin oli hankkeessa mukana. Eräässä Lutherille kirjoittamassaan kirjeessä hän lausuu, että jos paaville maisteri Philippin ehdotuksen mukaan rauhan vuoksi myönnetään oikeus hallita meitä, meidän piispojamme, meidän seurakunnanpaimeniamme ja saarnaajiamme, me asetumme vaaralle alttiiksi, me, jotka Jumala juuri on vapauttanut babylonialaisesta vankeudesta. Melanchthonin täytyi tällä kertaa peräytyä kovan vastustuksen tähden, mutta rauhasta Roomaan päin hän yhä unelmoi. ”jos paavi sallisi evankeliumin”. Tämän johdosta Andreas Osiander huomautti.. ”Toisin sanoen: jos perkele muuttuisi apostoliksi”.

Helmikuussa 1537 kokoontui Schmalkaldeniin, lähelle Erfurtia, paljon jumaluusoppineita ja valtiovallan edustajia, joista Saksin vaaliruhtinas oli johtavassa asemassa. Hänen toiveensa oli, että Lutherin Uskonkohdat täällä virallisesti tunnustettaisiin ja että sen allekirjoittaisivat kaikki luterilaiset ruhtinaat, säädyt ja jumaluusoppineet. Toive ei kuitenkaan toteutunut. Lutherin tunnustus oli siksi jyrkkä kaikkiin suuntiin, että oli enemmän kuin todennäköistä, että eräät piirit eivät sitä allekirjoittaisi. Sehän ei ainoastaan sisältänyt jyrkkää kannanottoa ainoastaan reformoituun ja paavilaiseen suuntaan, vaan myös vääriä veljiä vastaan, niinkuin hän Uskonkohtiensa esipuheessa mainitsee. Varsinkin Herran ehtoollisen kohdasta muodostui kompastuskivi. Melanchthonkin oli yksityisesti Lutherin muovailua vastaan tässä asiassa, vaikkakaan hän ei tuonut kantaansa julkisuuteen.

Schmalkaldenissa oli jumaluusoppineiden ensimmäisenä tehtävänä sekä Augsburgin tunnustuksen että sen Puolustuksen tarkistus ja nimikirjoituksin niihin tunnustautuminen, mikä tapahtuikin. Mutta kun kummassakaan tunnustuksessa ei ollut mitään paavinvaltaa käsittelevää kohtaa, valtiovallan taholta lausuttu vaatimus tämän aukon täyttämisestä tyydytettiin siten, että Melanchthonin tehtäväksi annettiin kysymystä koskevan tutkielman kirjoittaminen. Mitä tulee Lutherin Uskonkohtiin, ei niiden esittämisestä kokoukselle tullut mitään. Oli nimittäin pelättävissä, että niiden allekirjoittaminen merkitsisi valtiollisen Schmalkaldenin liiton hajoamista. Näin politiikka saneli ratkaisun. Kuvaavaa kuitenkin on, että kun Augsburgin tunnustuksen ja sen Puolustuksen allekirjoitti 32 jumaluusoppinutta, Lutherin Uskonkohtien alle ilmestyi 44 nimeä. Lutherin Uskonkohdat siis, vaikkakaan ne eivät saaneet virallista vahvistusta, murtautuivat voimakkaasti esiin; siihen riitti uskonpuhdistajan nimi ja hänen teoksensa iskevä voima. Eiväthän Lutherin katekismuksetkaan ole saaneet mitään virallista vahvistusta, mutta siitä huolimatta niillä on sijansa luterilaisen kirkon tunnustuskirjojen kokoelmassa.

Schmalkaldenin Uskonkohtien merkitys on se, että siinä pannaan teljet sekä reformoidulle että salakalvinilaiselle katsomukselle. Edelleen sitä on pidettävä Ausburgin tunnustuksen mitä arvovaltaisimpana selityksenä. Se olikin tosiluteriIaisten voimakkaana tukena seuraavien vuosikymmenien vaikeissa opillisissa kiistoissa.